Ambientada en un futuro lejano en el cual la especia melange es la sustancia más valiosa del Universo, todo empieza con el cambio de la administración del planeta Arrakis (del que se extrae la especia). En una maniobra política con la intención de dejar fuera de juego a ambas casas, el imperio hace que la sádica casa Harkonnen deje su puesto como administradora a la casa Atreides. Esta estrategia está acordada con la poderosa Cofradía Espacial, que controla el viaje interestelar y cuyo representante le deja claro al Emperador que los augurios dicen que el heredero de la casa Atreides, Paul, es un peligro para el equilibrio de poder vigente y debe ser eliminado.

Traspasado el poder sobre el planeta, la paz no dura mucho en Arrakis, ya que los Harkonen no aceptan que se les dejase fuera y pronto lanzan un ataque contra los Atreides con el que consiguen retomar el poder por la fuerza y matar a Leto Atreides, líder de la casa rival. Paul, hijo de Leto, consigue escapar con su madre al desierto y acaban buscando refugio junto a los fremen, los misteriosos habitantes nativos del planeta. Durante este período, Paul experimenta visiones sobre su futuro como 'Elegido', que acaban convirtiéndose en reales cuando, llegado el momento, consigue instruir y liderar a los fremen para revelarse contra los Harkonnen y devolver el poder de Arrakis a su pueblo.

La revuelta de Paul al frente de los fremen contra los Harkonnen y el emperador tiene éxito, gracias a la técnica que el joven Atreides enseña a las tropas para utilizar el sonido de su propia voz como arma y con el poder de desplazamiento que les da el haber conseguido utilizar los enormes gusanos de arena del planeta como medio de transporte. Cuando la victoria se certifica, en el desértico planeta en el que nunca se había visto una gota de lluvia, comienza a llover.

La situación que se acaba de mencionar hace que, de alguna manera, la novela y la película tengan un mensaje contradictorio. Si bien la novela tiene un potente mensaje basado en esas sombras de Paul que llama a desconfiar del carisma y el aura de los líderes impuestos al pueblo, en la película vemos justo lo contrario. Lynch dota a Paul de un carisma casi inquebrantable, y lo convierte en su héroe sin tintes de villanía alguna ignorando el mensaje primordial de la obra de Herbert. El Paul de Lynch es un líder real y confiable que lleva a su pueblo a una victoria que no solo es bélica sino también mística. En el momento de recuperar el poder sobre Arrakis para el pueblo fremen, el milagro de la lluvia surge y la profecía mesiánica se vuelve real. Herbert sembraba la semilla de la desconfianza sobre los líderes que llegan al poder con promesas infinitas y Lynch cambia la intencionalidad transmitiendo lo contrario: La necesidad de un líder con personalidad para conseguir salvar a los pueblos. Lynch ni se plantea por un momento la idea de Paul como posible villano.

Es también, por supuesto, una historia sobre la relación de la humanidad con la naturaleza. Dune va de humanos poniendo todos sus esfuerzos en domar un planeta entero, someter sus recursos a sus intereses cueste lo que cueste. Arrakis debe ser explotado por cualquier vía debido a la relevancia de la especia, y los mecanismos de defensa naturales del lugar son incapaces de hacer que la voluntad de hierro de los responsables de expoliar sus recursos abandonen su empeño. Los enormes y temibles gusanos de tierra son una presencia amenazante, pero no coartan el afán recolector de los responsables de hacer llegar la especia al imperio. Los intereses de los poderosos por encima de todo lo demás.

- ¿Qué es la especia y por qué es tan importante?

Desde el mismo inicio de la película se nos introduce la importancia de la especia melange. Esta sustancia es vital en la sociedad de Dune, pues durante los viajes espaciales permite 'plegar el espacio'  y posibilita así cruzar el Universo. Los navegantes de la Cofradía Espacial son humanos mutados por el consumo de la especia y tienen la habilidad de crear rutas adecuadas gracias a esto.

La especia confiere otras habilidades, como la clarividencia, y es capaz de mejorar la salud y alargar la esperanza de vida del consumidor, aunque genera también adicción y algunos efectos secundarios como la transformación de algunas características físicas. Los típicos ojos de sombra azulada de los fremen son uno de estos efectos.

- ¿Quiénes son las Bene Gesserit y qué intenciones tienen?

Las Bene Gesserit son una hermandad de mujeres que controlan el don de 'La Voz'. Este poder les permite implantar ideas en las mentes de posibles víctimas vulnerables a él, con el fin de manipularlos o controlarlos. 

Solo muestran lealtad hacia ellas mismas y su objetivo es establecer sus planes para el presente y el futuro del imperio, con lo que se sirven de su poder e influencia para intentar estar en todos los frentes. En la película, buscan influir en Arrakis para establecer entre los fremen el ansia de rebelión bajo la figura de un líder, Paul Atreides, que ellas creían afín a sus metas por poseer también el don de La Voz y ser hijo de una miembro de su congregación.

- ¿Qué es el Kwisatz Haderach?

A lo largo de la película se habla del Kwisatz Haderach como figura central en las profecías fremen y Paul es declarado por Alia, al final de la película, como dicho Kwisatz Haderach. Esta es una figura creada por las Bene Gesserit y definida como un hombre perfecto y capaz de acceder a las memorias pasadas y futuras de la humanidad, además de ver el porvenir.

En la película resulta uno de los muchos puntos que contribuyen a la falta de cohesión argumental, ya que nunca se explica de forma clara lo que implica este término a pesar de nombrarse de manera frecuente. Si bien el Kwisatz Haderach fue una invención Bene Gesserit y conllevó siglos de ingeniería genética por parte de la congregación con la intención de que acabara uniéndose a su causa, lo cierto es que al final de la película queda claro que Paul no rinde pleitesía a la orden.

- ¿Qué son los módulos sobrenaturales (weirding modules) y cómo funcionan?

En la obra original, el arma secreta y poderosa que Paul enseña a los fremen para ayudarles a vencer en su rebelión es un arte marcial secreta desarrollada originalmente por las Bene Gesserit. Los módulos sobrenaturales son un invento de Lynch para su versión, debido a que el director no creía que las escenas que implicaría la técnica original quedasen bien en la película. Implicaban sistemas de combate de estilo similar al kung fu que no le parecían naturales ni en el ambiente general de la obra ni en su estilo fílmico.

Estos módulos fueron otro de los objetos de crítica, debido a la desviación de la historia original que suponen, y su idea surge del mencionado poder de las Bene Gesserit para dominar La Voz. Los módulos se valen de este poder y lo convierten en un arma destructiva cuando se pronuncian determinadas palabras cuyo poder es amplificado por el aparato. Gracias a su uso consiguen una ventaja importante en el enfrentamiento contra los Harkonnen.

- ¿Qué es el Agua de la Vida y qué provoca su consumo?

El Agua de la vida es otro de los elementos que aparecen con un peso clave en la película sin llegar a dar una explicación suficientemente clara, generando cierta confusión en el público que desconoce la obra original. Esta sustancia es una forma super concentrada de especia, sacada a partir de un gusano de arena joven ahogado en agua, que al morir expulsa esta sustancia.

A la llegada de Paul junto a su madre junto a los fremen, estos conocen la profecía (instaurada por las Bene Gesserit de manera intencional a lo largo de siglos) de que su mesías llegará junto a su madre y que esta se convertirá en madre superiora. Según los rituales, una madre superiora debe pasar por el ritual de ingerir el Agua de la Vida, sustancia mortal para un humano en cualquier cantidad y que solo alguien con el poder suficiente puede convertir en inocua. Cuando Jessica pasa la prueba, se convierte en la madre superiora profetizada del pueblo fremen. 

En cuanto a Paul, también acaba consumiéndola cuando las visiones que lo acompañan durante toda la película y que le permiten ver el futuro dejan de surgir. Esto es visto por él como una señal de que debe tomar el Agua de la Vida para poder cumplir su destino, y cuando lo hace se convierte en el único humano masculino que superó alguna vez la prueba. Esto le da poderes psíquicos aumentados y la capacidad de controlar a los gusanos de arena, comprendiendo además que estos son el origen de la especia. 

- ¿Cuál es el origen de la peculiaridad de Alia?

Alia es la hermana de Paul, y nace después de que Jessica tome el Agua de la Vida estando embarazada. Haber pasado por este trance en el vientre materno le da unas características muy particulares y provoca que nazca con conciencia total como resultado de esta exposición. Esta consciencia total implica que asume, como su madre, el conocimiento ascentral de todas las madres superioras previas y habilidades Bene Gesserit completas. Esto es visto como una aberración por la orden, pues ven a la niña como un peligro, sobre todo teniendo en cuenta que perdieron el control sobre Jessica, Paul y la propia Alia.

- ¿Por qué llueve sobre Arrakis al final y qué implicaciones tiene?

Al final de la película, la victoria de los fremen sobre los Harkonnen se hace realidad y Paul se convierte en el mesías que hace llover sobre las tierras eternamente yermas de Arrakis. Cumple así la profecía de elegido transformador del planeta y le da esperanzas a los suyos para dejar de habitar un paraje desolado y explotado eternamente por los intereses extranjeros.

Sin embargo, esta es otra desviación importante respecto a la novela original. En los libros, la lluvia nunca ocurre, y de hecho si ocurriese produciría el colapso de la civilización porque provocaría la muerte de los gusanos y con ello el fin de la especia.